“外人谁识子云玄”，一语道破。居正只是怨切地说，“你们不认识，不认识啊！”究竟年轻，他还不免有些躁急。顾璘对于居正十六岁中举的事，认为太早，倘使再迟五六年，也许他可以更沉着一点。
其实徐阶把居正留在幕后，一切的政治秘密，居正都有与闻底机会。嘉靖四十二年三月，吴维岳调任贵州巡抚，在明代贵州还是蛮荒，维岳一肚皮不高兴，居正给他说：
师翁绝才冠世，卓行范俗，当路且欲虚接席以待，贵阳开府，只暂借耳。比奉手教，乃有东山之怀，岂群材所望乎？（书牍十五《答贵阳开府霁岩吴老师》）
这里很可看出居正说话的地位。关系更大的是景王夺嫡之事。徐阶掌握政权是嘉靖四十一年以后的事，景王虽然已经归藩，（嘉靖四十年）但是因为裕王底名分，始终没有确定，所以还是不断地计划。居正说过：
原任少师大学土徐阶，当世宗时，承严氏乱政之后，能矫枉以正，澄浊为清，惩贪墨以安民生，定经制以核边费，扶植公论，奖引才贤，一时朝政修明，官常振肃，海宇称为治平，皆其力也。是时先帝潜居藩邸，世庙一日忽有疑于先帝，命检成祖之于仁宗故事，阶为之从容譬解，其疑乃释。此一事则惟臣居正一人知之，诸臣皆不得闻也。（奏疏十一《请乞优礼耆硕以光圣治疏》）
成祖曾经一度决心废太子，立汉王高煦，所谓“故事”者指此。宫庭的秘密，徐阶都和居正商论，他们间的关系可知。景王死于嘉靖四十四年，这是四十一至四十四年中间的事。
嘉靖四十二年，是一个多难的年代，福建、浙江的倭寇还是不断地进攻，幸亏刘显、俞大猷、戚继光几个名将，打了几次胜仗，把他们堵住了。北方的鞑靼，正月里在俺答领导下面，进攻宣府，南掠隆庆。十月把都儿和俺答底儿子辛爱，破墙子岭入寇，北京戒严，直到十一月解严，中间他们曾经大掠顺义、三河。嘉靖年间，北京经过几度戒严，这是最后的一度。
世宗还是没有忘情文物制度底事。正德十六年，他从安陆州入都即位。嘉靖十年，升安陆州为承天府，命文学侍从之臣，为《承天大志》。徐阶当国的时候，再修《承天大志》，大学士徐阶、袁炜，都是《承天大志》总裁。四十二年，徐阶荐居正为副总裁。居正集中留下一篇《承天大志纪赞》，（文集一）还是些不痛不痒的文章。（敬修《文忠公行实》言嘉靖四十一年居正领副总裁，甫八阅月，手自脱稿，为十二纪以献。今案《承天大志》成于嘉靖四十三年，居正以书成进官谕德，前八阅月为四十二年，不应言四十一年。“十二纪”之说，亦与本集不合。）
嘉靖四十三年，《承天大志》完成，居正进官右春坊右谕德，（从五品）为裕邸日讲官。谕德是一个虚衔，居正底职务是裕王府讲官，为日后进官大学士，留下一个基础。一切看出徐阶为居正作一个从容不迫的布置。其后居正给徐阶两子书中，一再说：“仆受太翁老师厚恩，未有以报”，（书牍十四《答奉常徐仰斋》又同卷《答符卿徐继斋》）流露了他中心底感激。
裕邸进讲的事，居正自己曾经留下下列的记载：
臣追思皇上昔在藩邸，臣因进讲汉光武杀直臣韩歆事，反复开导，言人臣进言之难，叹息光武以明圣之主，不能容一韩歆，书之史册，甚为盛德之累。荷蒙皇上改容倾听。（奏疏一《请宥言官以彰圣德疏》）
这是隆庆二年的奏疏，所称皇上，即是嘉靖年间的裕王。《文忠公行实》称“太师每进讲，必引经执义，广譬曲谕，词极剀切，以故皇考（指裕王）往往目瞩太师，加礼焉”，指此。
嘉靖四十三年，御史林润再劾严世蕃，逮世蕃下狱。四十四年，林润上疏数世蕃父子罪，世宗发三法司审讯。世蕃只是得意地说，“任他燎原火，自有倒海水！”他底计划，认定自己底罪状，只要承认受贿的事，其余还不难洗刷，最好是要三法司上疏的时候，提到严嵩坑陷沈炼、杨继盛底事实。两人底被杀，固然是严嵩底策动，但是都取过圣旨。一经提到，世宗想到前事，必然发怒，这样一来，一切的判决都推翻了，世蕃不但会免罪，而且还有蒙恩的可能。计划好了，世蕃底党徒只是一味地数说，“啊，不好！要是三法司提起沈炼、杨继盛底前事，严世蕃没有活命了。”空气在北京城里激动，刑部尚书黄光升、左都御史张永明、大理寺卿张守直，果然中计，他们正要上疏，把严世蕃父子陷害沈炼等的罪状，痛快地数责一番。草稿起好了，三个人去拜访徐阶。
徐阶早知道了。“三位底疏稿，可以看得吗？”他说。
三位法司把疏稿递给徐阶。
徐阶只是说，“法家底断案，再好没有了，钦仰得很。”一边领着三人到内室里去。大家静静地坐下，左右支使出去了，门也掩上。
“诸位底意思，还是要严公子死呢？还是要他活？”徐阶问。
“这是死罪，”三位都说，“当然要他死。”
“那么，办这件案子，”他又问，“还是杀他，还是救他？”
“在奏疏里，提到沈炼、杨继盛，正是给他死罪的根据。”他们都说。
“话是不错的，”徐阶慢吞吞地说着，“可是另外有一层道理。杀沈炼，杀杨继盛，诚然是犯了天下的众怒。但是沈炼攻击严嵩以后，严嵩把沈炼底名字，放在白莲教徒底供词中，只算杀了一个白莲教徒。这是圣旨。杨继盛，因为疏中‘召问裕、景二王’一句，严嵩认为‘诈传亲王令旨’，圣上大怒，传旨定罪，成为日后被杀底张本。这是皇上底特旨。皇上是最英明的，不会认错。诸位底奏疏一上，皇上疑心三法司借此归罪皇上，必定勃然震怒，恐怕大家不免问罪，严公子也自在地回家了。诸位以为怎么样？”徐阶又问。
这一问，大家愕然了。最后决定还是由徐阶主稿，不提沈炼和杨继盛，只说世蕃“交通倭寇，潜谋叛逆”。一切都是非常机密，非常敏捷。终于由世宗降旨，把世蕃杀了。不久严嵩也抄了家，得银二百万两以外，在当时几乎和国家一年的总收入相等。
有人称赞徐阶铲除大奸，徐阶蹙了眉头，慨然地说，“严惟中（嵩）杀夏公谨（言），惟中底儿子，又由我杀了，必然有人不会见谅，我底心境，只有上天知道罢。”严嵩底政权完全没落了，整个的政局，都在徐阶手里。
嘉靖四十五年，居正由右春坊右谕德进翰林院侍读学士，（从五品）掌翰林院事。在官阶上没有进展，但是在翰林院的地位提升了。《翰林院读书说》，（文集六）大致是这一年的作品。
在四十四年和四十五年的中间，内阁又起了变化。本来是徐阶、袁炜二人底内阁。四十四年三月，袁炜病重罢归，四月，补严讷、李春芳二人；就在这年十一月，严讷又病了，内阁只剩徐阶和李春芳。春芳是一个好好先生，一切都很安定。但是到了四十五年的三月，徐阶又引进郭朴和高拱。郭朴从嘉靖四十年起，已经是吏部尚书，在资历上，久已应当入阁；高拱在当时是数一数二的人才，而且曾经做过裕王府讲百大学士本来是他底本分，徐阶及早引进，认为这是一种政治手腕。他看定高拱对他必定感激，至少也是政治上的友人。但是徐阶却看错了。
这一年，世宗更加衰老了，因为多病，斋醮得更积极，一切的目标只是长生。“啊，长生，长生！只有生命是值得追求的，朝章国政，自然有人担负着”，世宗这样想。二月里户部主事海瑞委实看不过，决定上书直谏。直谏！一切直谏的榜样都在那里，世宗的朝廷里，正充满了血腥。海瑞买好棺材，准备后事，一边吩咐妻子，“这条性命，就献给皇上罢！”他慨然地说。他回头一看，书僮和长随都跑掉了，大祸临头，他们平时伺候主子，现在用不到逗留，什么人愿意陪主子坐监呢！海瑞点点头，他很明白。终于他上疏了，他还记得最激昂的几句：
陛下诚知斋醮无益，一旦翻然悔悟，日御正朝，与宰相侍从言官讲求天下利害，洗数十年之积误，置身于尧舜禹汤文武之间，使诸臣亦得洗数十年阿君之耻，置其身于皋夔伊傅之列，天下何忧不治，万事何忧不理！此在陛下一振作间而已。释此不为，而切切于轻举度世，敝精劳神以求之于系风捕影，茫然不可知之域，臣见劳苦终身而终于无所成也。
这不仅是一个刺激，简直是一个霹雳！世宗把海瑞底奏疏扔在地下，大声地说；“把他捉住，不要让他走了。”内监黄锦接着道：“奏明皇上，这人不会走的。”他把海瑞上疏以前的行为，一切奏明。世宗待他把奏疏检起，读了一遍又是一遍，长叹了一声：“我虽不是纣王，此人可方比干了。”
世宗底衰迈，显然地增加了。有时他想传位裕王，让自己安心养病。他和徐阶商量。他说，“海瑞说得也不错，但是我病久了，事情怎样办得？”徐阶是明白的，他不敢劝皇帝退位，只是请皇上顾念祖宗基业，天下苍生。当然世宗不再谈传位了，他只是一意修玄。事情不是很明白吗？前年五月的夜里，正当世宗坐在天井里的时候，御座上“降”下一个仙桃。内监们都看得清清楚楚，从空中降下的。你不相信？五天以后，又“降”下一个。这不是上天底赏赐是什么？五月的天气，北京会有仙桃么？以后的以后，白兔生子了，白鹿又生子了，这是瑞兔瑞鹿。翰林院进过奏章，还不相信么？上帝底恩赉多着呢！只要耐心等着。
皇上正在修玄，道土们底工作，越发积极。