但是大屠杀事件发生了，总会有一些幸存者会揭发日本军的罪恶事实；同时也总会有身份不同的人观察到现场。
佐佐木元胜16日到达南京，17和18两天曾往返于中山站和下关之间。他在接收了下关中国邮局后，就把野战邮局搬到下关，对当时附近满是尸体的情景描绘如下：
在江岸，残兵败卒遭机枪扫射后，尸体成堆，在马路上、江堤下和江水边，尸体重叠着。任何悲惨的情景也无法与之相比。除此之外，还有多少具被吞没在长江的浊流中随波冲走，不得而知。我曾于关东发生大地震时，看到本所的缘叮呵岸堆积着许多尸体，但与此相比也是微不足道的了。那些夺去了人的生命的枪弹和刺刀，令人毛骨悚然。有的尸体呈半裸状态，有的被浇上煤油焚烧得焦黑。（《野战邮政旗》上册，第222页）
1923年9月1日，日本关东地区发生大地震，死伤及下落不明者15万人，是世界级灾难。佐佐木元胜以关东大地震作比，只说明了下关被日本军屠杀的严重程度和残忍性，但也未说清楚到底被日本军屠杀了多少中国人。其原因在前面已经说过了。不管从哪个角度去说，下关被屠杀的军民是南京大屠杀中的一个组成部分，而且占据份量很重。
田中歪曲事实说：“回想起来，《中国之旅》的内容，均来自中国受害人的揭发，或是一些故事，仅是一些‘传闻’。本多先生和《朝日新闻》根本不想弄清这些残酷故事的真伪，他们即不查证当时的历史记录，也不核对日本方面的证词。”（见《虚构》第9页）
本多胜一先生曾以记者身份到中国访问，采访了许多幸存者和当事人，掌握了南京大屠杀的第一手资料，回国后写的《中国之旅》于1984年《朝日新闻》上连载。该书以鲜明的观点和立场揭露了日本军南京大屠杀的暴行。
冈本健三生于东京，作为士兵参加了南京的攻陷战，亲眼目睹了杀人现场，他说：
有人说未发生过南京大屠杀事件，那是一派胡言。我目睹了屠杀现场，日军占领南京后，由于区别不出良民与游击队，因而就发良民证。我们的部队也每天干起像是盘问之类的事情来。虽然要中国人填写了出生年、月、日，职业、性别，但中国很少有人会写字。我们对不会写字的人作了说明，但他们听不懂我们的话。于是，回答清楚的人就没事，如有人回答得慢腾腾的，前言不搭后语，就被视为行迹可疑的人而加行处置。
我想日本军是在南京机场焚烧了被杀害了中国人的尸体。行迹可疑的人由各部队集中带往飞机场。他们在杂草丛生的草地上，被绳子团团捆住，他们无法逃跑。他们感到莫名其妙而喧嚣起来，喋喋不休。架在飞机库顶上的机枪对准那里哒哒地射击。我认为这种射击是在接到“射击”命令后进行的，是不知不觉地勾动了扳机。由于我们没有杀人的精神准备，因此毫无表情。如果在战斗中命令我们杀人，若不把对方杀掉，则自己有被对方杀掉的危险。可是在那种场合，有点人性的话就不会射击。射击的任务由机枪队执行。我们的部队则驻扎在四周进行监视。
射击开始，有人抢先夺路而逃。即使逃跑，但因为到处都架有机枪，结果也必然被枪杀。当时估计被杀害有四、五百人。事情结束后，日本军把路轨堆起来，上面放着尸体，下面塞着木架，浇上汽油后统统焚烧。……有时我们的部队也被拉出来，我也干过焚烧尸体的工作，一直要干到第二天，干到很晚。被害的人不只是男的，也有妇女和儿童，甚至有不到10岁的儿童。这是不折不扣的屠杀啊!被杀的人是不是游击队，也不清楚。在区别他们是否是良民时，并非什么都是的。由于语言不通，情况不会弄得很清楚。虽说在地狱里与极乐世界相差无几，实际上，是胡言乱语。（引自《参加杭州湾敌前登陆》载《中国》1971年8月号）
通过冈本健三提供的第一手资料，有力地回击了田中对本多胜一的指责。由此我们可以清楚地看出：第一，屠杀是接到上面的命令而进行的；第二，所有日军都参与了屠杀；第三，屠杀是极严格而秘密地进行的；第四，屠杀是有计划、有组织的，统一方法——屠杀后焚尸灭迹；第五，所有被屠杀的都是老百姓，其中有男有女，也有儿童。田中要求本多核对日本方面的资料，日军中将今朝吾的《日记》、少将佐佐木到一的《进攻南京纪实》以及士兵外贺关次、赤星义雄、冈本健三等亲眼所见，都可以作为给田中的回答。关于强奸一事，冈本健三说：“强奸事件也不是谣传。占领南京后不久，情况糟得很。自杭州湾登陆后，军队里就没有女人了。士兵们都是青年……上级说，如果干了那种事就当场把女人杀死。”
冈本健三提供的“奸后杀死妇女”的情况，使我们一下子明白了为什么在南京奸后惨杀妇女的情景。原来日本军先奸后杀也是来自“上级”的命令，这就是根源，是无可争辩的证据。
南京大屠杀中日本军犯有屠杀、强奸、纵火、掠夺四种暴行。而四种暴行中屠杀暴行居于首位，罪恶最大，是定性的暴行。因而也是日本右翼势力集中力量的攻击点。下面我们再从掩埋尸体的数据来证实南京大屠杀。
第三部分第35节外国人之目睹及其文字记载(6)
红十字会南京分会副会长许传音作为检察方面的证人，就该会掩埋被遗弃尸体的情况，在远东国际军事法庭审判时出庭作证说：“红十字会一般掩埋了人们无力进行自费掩埋的尸体，但当时尸体太多了，难以处理。日本军当局却来人说，你们是掩埋尸体的，请帮助我们清除尸体。因为得到日本军的同意，我们获得可以前往市中心的许可证或通行证。于是，为了进行这项工作，我们雇用了二百名工人。”12月16日那天，许传音曾在日本兵的监视下乘汽车观察了南京城内马路上遗弃尸体的情况。可以认定，红十字会掩埋尸体的准备工作便从这一天开始，于12月22日，首次在清凉山后山掩埋了129具尸体。至1938年10月30日在中华门普德寺掩埋62具尸体。（其中女尸13具，孩尸1具），共埋43071具。
除了红十字会南京分会组织掩埋队外，崇善堂也组织了四个队进行掩埋遗弃尸体的工作。该堂单掩埋尸体一项工作有固定工役48人，临时工没有固定数字。从资料中可以看到，该堂于12月26日在五台山首次掩埋了124具尸体，其中女尸22具，孩尸6具。该堂至1938年4月20日止，累计共收埋尸体112，267具，其中女尸2，091具，孩尸813具。
红十字会和崇善堂掩埋尸体数统计表
单位男女孩合计
崇善堂109,3632，091813112,267
红十字会42,942834643,071
总计152,3052,174859155,338
（以上数字以《档案》第424至435页为准）
南京崇善堂成立于清嘉庆二年，是一个历史较长、财产较厚的慈善团体，主要办理恤寡（寡妇）、保婴、施药、施材并辅助妇子女读书及贫民施诊，救济难民食米等事。有董事19人，其中二人为经理董事，主持日常工作。南京沦陷前有田产4处（六合、中华门外、句容、水西门外），约600余亩；此外还有房产19处，租金可观，都用于慈善工作。
南京陷落后，崇善堂部分迁入难民区内，对难民进行救济。并组建“崇字掩埋队”，下设4个分队，各队设主任1人，队员1人，固定工役10人，招收的临时工人时多时少，没有固定的人数。开始收尸时要把尸体从城内清理集中，再运往城外掩埋，进度较慢。第二年春末掩埋转入到城外，尸体又集中，又用大坑就地掩埋，进度大大加快，到5月底，掩埋结束。
崇善堂所组建的4个掩埋队，以队为单位收埋尸体，指定专人每天记录收尸的地点、人数和掩埋，认真负责，手续完备。每队都要填表上报，凭表领取经费。崇善堂本是慈善团体，所有活动都是围绕着救济受难者，从不争名，更不为利。凭良心做事，无虚伪之处。从这种为善的愿望来看，他们所提供掩埋尸体数应当是可靠的。
南京市崇善堂掩埋工作一览表
队别尸数合计
男女孩
第一队27,08565333228,070
第二队20,1084928120,753
第三队35,21231611835,646
第四队26,88663028227,798
总计109，3632,091813112,267
（以上数字引自《档案》第423至424页）
南京市崇善堂呈报《南京市崇善堂掩埋工作一览表》附件
本堂哀悼同胞遍地惨死尸体，特组织崇字掩埋队与红十字会合作，红十字会担任西城掩埋，本堂担任东城掩埋，共立四队，每队主任一人，供伙食，无薪给，队员日给米八合，队员十人，日给米六合。